พฤติกรรมอันน่าอับอายของฟรองซัวส์เป็นการยุติความก้าวหน้าทางการทหารของฟรองซัวส์ กล่าวกันว่าพระราชมารดาแคทเธอรีน เดอ เมดิชิทรงเขียนพระราชสาส์นถึงฟรองซัวส์ที่กล่าวว่า "ถ้าเจ้าตายเสียตั้งแต่อายุยังน้อย เจ้าก็คงจะไม่มาเป็นสาเหตุของการตายของผู้กล้าหาญจำนวนมากมาย"[4] การหยามหน้าตามมาด้วยการยุติการหมั้นหมายอย่างเป็นทางการจากสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธหลังจากการสังหารหมู่ หลังจากนั้นสถานภาพของฟรองซัวส์ในเนเธอร์แลนด์ก็คลอนแคลนจนในที่สุดก็ต้องออกจากประเทศในเดือนมิถุนายน

ไม่นานหลังจากนั้นฟรองซัวส์ก็ล้มป่วยด้วยมาเลเรีย แคทเธอรีน เดอ เมดิชิทรงนำฟรองซัวส์กลับปารีส มาคืนดีกับพระเชษฐาพระเจ้าอองรีที่ 3 แห่งฝรั่งเศสในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1584 ในที่สุดฟรองซัวส์ก็เสียชีวิตเมื่อวันที่ 19 มิถุนายน ค.ศ. 1584

การเสียชีวิตทำให้ อองรีแห่งนาวาร์พระสวามีของมาร์เกอรีตแห่งวาลัวส์ พระขนิษฐาของฟรองซัวส์กลายมาเป็นทายาทโดยนิตินัย ที่ทำให้ความรุนแรงของสงครามศาสนาของฝรั่งเศสเพิ่มความรุนแรงมากยิ่งขึ้น